兩者均有溶劑輸送系統、進樣系統、檢測系統和信號記錄和處理系統，但由于離子色譜和液相色譜所用的流動相不同，檢測方式不同及信號處理的要求不同，在各部件上有一些差別。
1.離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，因此通常離子色譜采用非金屬材料作為整個系統材料，一般采用Peek塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而聚四氟乙烯材料作為檢測器，外接管路等，要求系統可以耐酸、耐堿，但一般情況下全塑的材料由于加工和強度方面的差異，耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。液相色譜由于一般采用有機溶劑作淋洗液，因此多數還是采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機溶劑，但對于酸或堿的溶劑，使用易產生腐蝕現象。而隨著液相色譜在生物領域的廣泛應用，金屬對一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面應用液相色譜也廣泛采用了Peek材料作為泵體、流路和閥，使離子色譜和液相色譜具有了一定的通用性。
2.離子色譜又分為抑制型和非抑制型，而目前被廣泛應用抑制型離子色譜，采用了抑制器，而普通液相色譜沒有類似裝置。抑制器的結構上與液相色譜的柱后衍生系統相似，但是抑制型離子色譜組件之一。非抑制型離子色譜不用抑制器，與液相色譜十分相似，一些非抑制型離子色譜基本上就是采用液相色譜的泵、流路和進樣閥。
3.離子色譜與液相色譜另一差異就是檢測器，一般情況下液相色譜采用紫外-可見光度檢測器;而離子色譜通用的是電導檢測器。
4.離子色譜由于淋洗液的關系，其色譜柱一般都為聚合物柱，以苯乙烯和二乙烯苯色譜柱為主，高柱效約為30000，而常規的液相色譜柱，常用的是硅膠基質的色譜柱，以反相為主，柱效一般在60000以上。
5.離子色譜由于不同廠家的設計不一樣，有的儀器部分靠氣動，并用氣保護淋洗液穩定(NaOH體系)，用氣量不大;而液相色譜中，只有ELSD和MS檢測器用到氣源，而且用氣量很大。
6.離子色譜一般采用強酸和強堿的水體系，pH可在0-14，并添加一些反相的有機溶劑，也用一些無機鹽類。而液相色譜多以有機相為主，pH大多在2-8.5之間，有機試劑種類多，流動相添加劑使用較靈活。
